(1815 - 1837)  Con la Restaurazione, le collezioni anatomiche vedono un nuovo incremento per iniziativa di Luigi Rolando, che nel 1830 le espone al pubblico nel Palazzo dei Regi Musei (ora Museo Egizio). Numerosi oggetti di quelle collezioni, tra cui importanti modelli in cera, sono conservati nell'attuale museo.

(1837 - 1898)  Il Museo Anatomico viene trasferito presso l'Ospedale Maggiore di San
Giovanni Battista, ove le collezioni continuano ad arricchirsi. Negli ultimi decenni del
secolo, sotto la direzione di Carlo Giacomini, viene data particolare importanza all'allestimento di preparati a secco e in alcool. L'entusiasmo per le idee di Darwin stimola lo sviluppo di collezioni antropologiche e primatologiche.

(1898)  Con l'edificazione del nuovo palazzo degli Istituti Anatomici di Corso Massimo d'Azeglio 52 il museo è trasferito definitivamente nella sede attuale.